Remy Froissart, CNRS

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[[ https://remy-froissart.ouvaton.org/doku.php?id=start|Home]]
=====Étude de la co-évolution antagoniste entre bactériophages thérapeutiques et E. coli carbapenème-résistant=====

L'évolution bactérienne vers la résistance aux antibiotiques devient un problème mondial chaque jour plus pressant. Ainsi, près de 5 millions de personnes meurent chaque année dans le monde du fait de l'infection de bactéries associées à une ou plusieurs résistances aux antibiotiques (Murray et al 2022 Lancet) et des prédictions font état de 10 millions de morts par an à l'orée de 2050 (O'Neill 2016 Rev. Antimicriobiol. Resist). Selon l'Organisation mondiale de la santé, une ère "post-antibiotique" - dans laquelle des infections courantes et des blessures mineures peuvent tuer - pourrait donc prochainement advenir si rien n'est fait. Une vingtaine d'espèce bactérienne menace ainsi particulièrement la santé publique mondiale, au premier rang duquel les E. coli carbapenème-résistants.

Pour faire face à cette menace sanitaire, il est urgent à la fois de trouver de nouvelles thérapies capables de contrôler les génotypes bactériens résistants aux antibiotiques tout en prenant en compte les processus évolutifs dans nos approches thérapeutiques  (médecine évolutive) pour ne pas retomber dans les mêmes impasses. Parmi les différentes stratégies alternatives ou complémentaires aux antibiotiques, les traitements faisant intervenir des bactériophages thérapeutiques sont actuellement en pleine phase de renaissance et de recherches fondamentales et appliquées.

Dans le cadre d'une collaboration avec les [[ https://www.crioac-lyon.fr/phagotherapie-bacteriophage/|Hospices Civiles de Lyon]] et au sein du [[ https://www.chu-lyon.fr/antibioresistance-projet-phag-one|projet Phag-One]], le projet de thèse propose d'étudier l'effet de l'adaptation de plusieurs bactériophages à un ou plusieurs génotypes bactériens cibles (bactériophages spécialistes versus généralistes) non seulement sur l'efficacité et les mécanismes d'infections mais aussi sur la capacité des bactériophages à inhiber l'apparition de bactéries résistantes.

La thèse se fera dans un laboratoire (équipe [[ https://virostyle.cnrs.fr/team/|Virostyle]], UMR 5290 [[ https://mivegec.fr/|MIVEGEC]]) où nous nous intéressons à la compréhension de la co-évolution antagoniste entre bactériophages et Salmonella ou E.coli. Le travail sera pluri-disciplinaire dans la mesure où il s'agira de réaliser des expériences de biologie évolutive (évolution expérimentale), de la microbiologie (bactériologie et virologie) et de la biologie moléculaire. Une appétence pour la bio-informatique sera un plus. Des collaborations avec des modélisateurs seront envisageables.

 Si vous êtes intéressés, les candidats doivent m'envoyer avant le 27 février 2022 :
  * une lettre de motivation
  * leur curriculum vitae avec relevés de notes disponibles, liste de publications et/ou communication
  * CV incluant le nom, les adresses et les coordonnées e-mail des personnes de référence avec lesquelles ils ont travaillé dans le passé (notamment le M2),
  * CV incluant d'éventuels autres diplômes,
  * CV incluant le projet professionnel (max 500 caractères)

En cas de sélection par notre équipe, nous organiserons un entretien par visio au cours de la semaine suivante (du 1er au 4 mars).

La proposition de bourse sera finalement soumise à la Fondation pour la Recherche Médicale (FRM). Cependant, nous enverrons d'abord le projet (c'est-à-dire (i) le sujet de l'étude, (ii) le candidat et (iii) le superviseur) à l'Ecole doctorale GAIA de l'Université de Montpellier qui sélectionnera le 21 mars un sujet pour toute l'Ecole doctorale. En cas de sélection, nous devrons télécharger le sujet sur le site de la FRM avant le 30 mars. 

En cas de présélection par notre groupe "Virostyle", nous organiserons un entretien par visio au cours de la semaine suivante (du 1er au 4 mars). L'ensemble du projet (c'est-à-dire (i) le sujet de l'étude, (ii) le candidat et (iii) le supperviseur) sera ensuite envoyé le 10 mars 2022 à l'Ecole doctorale [[ https://gaia.umontpellier.fr/|GAIA]] de l'Université de Montpellier qui sélectionnera le 21 mars un sujet pour l'ensemble de l'Ecole doctorale. En cas de sélection par l'Ecole doctorale, nous soumettrons finalement la proposition de subvention avant le 30 mars 2022 à la [[ https://www.frm.org/|Fondation pour la Recherche Médicale]] (FRM).
Remy Froissart, CNRS

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